針對iPhone 6s系列機種分別採用由台積電16nm製程技術，以及三星14nm製程技術的A9處理器效能與電池續航表現爭議，蘋果認為兩種處理器實際表現仍因不同使用情境而有差異。
雖然蘋果並未明確公布iPhone 6s系列機種所採用A9處理器分別由台積電與三星代工製作，但不少市場消息與數據均已直接或間接證實此項作法，甚至部分數據更顯示由台積電16nm製程技術生產A9處理器，其實有更好的效能表現及電池續航表現，因此造成後續部分消費者傾向挑選搭載台積電生產版本處理器的iPhone 6s。
而為平緩市場討論爭議影響iPhone 6s實際銷量，蘋果稍早釋出官方聲明內容，除確認iPhone 6s確實由兩家廠商代工生產處理器元件，同時強調兩種製程技術生產的處理器均符合蘋果要求標準，同時也說明兩種不同製程技術確實會有約2-3%的效能差異，但並不影響實際使用。此外，即便是相同硬體規格的iPhone 6s在不同使用情境下，也可能反應不同效能與電池續航表現。
兩種製程技術所生產的處理器之所以產生細微差異，除在於製程技術架構設計不同以外，也包含不同製程所對應使用電壓差異，導致整體機身發熱表現也將有差別。
目前市面開始流傳不同識別iPhone 6s處理器是否為台積電製程技術生產的方式，或是強調不同區域販售的特定規格iPhone 6s採用台積電製程生產處理器比例，但實際使用其實不見得會有明顯差異，畢竟實際使用仍會有不同變因影響效能表現，進而影響實際耗電結果。
