蘋果稍早確認，對應新款iPad Pro使用的新一代Apple Pencil，雖然能透過磁吸固定在新款iPad Pro上，以無線充電方式補充電力，卻無法支援一般Qi無線充電。另一方面，雖然蘋果強調新款iPad Pro換上USB Type-C將增加更多應用可能，但卻仍無法直接存取外接隨身碟或硬碟裝置。
相比前一代Apple Pencil，新版本的設計採用一體成形筆身，充電方式僅需透過磁吸固定在新款iPad Pro上，直接透過無線充電方式即可補充電力，無需像過往必須拆下筆後端的蓋子，透過Lightning連接頭反插於iPad Pro下方補充電力，或是透過轉接配件以Lightning連接線充電，同時也能減少蓋子遺失，或是忘記帶轉接配件的麻煩。
不過，雖然能以無線充電方式直接從新款iPad Pro機身供電，但新款Apple Pencil似乎與Apple Watch系列一樣，依然無法相容Qi無線充電標準，而是以蘋果自有設計進行充電，或許與為了避免此類小電量裝置因坊間無線充電裝置影響充電品質有關。
而許多外媒率先測試新款iPad Pro時也發現，新款iPad Pro搭載的USB Type-C連接埠雖然可對應充電、直接與MacBook、Mac等裝置連接，同時也能相容USB Type-C連接埠裝置，卻無法直接存取隨身碟、硬碟等裝置。
其中原因應該還是與iOS資料存取限制有關，例如透過USB Type-C轉接器或讀卡機存取SD記憶卡，即可直接讀取記憶卡內的數位照片，卻無法直接取用記憶卡內存放的其他格式檔案，或是將新款iPad Pro內的資料複製到記憶卡上，最主要原因也與資料保護有關，無法像Android或傳統Windows PC裝置般的檔案管理方式使用內容。
因此若要強調新款iPad Pro可以更加提昇工作生產力，蘋果在某種程度上還是希望能將iPad Pro產品定位與MacBook系列產品做區隔，但同時也維持可藉由AirDrop等方式讓使用者能方便取用iPad Pro內所存放內容，只是這些前提必須維持在一定的資料結構安全內。
