針對近期已在南韓地區開放測試的Samsung Pay，相關實際測試者表示若本身手機已經進行root (俗稱破解諸多限制功能)，將無法正常使用此項功能，而主要因素可能是基於安全考量。
根據Sammobile網站報導指出，部分取得Samsung Pay測試的南韓地區使用者表示，若手機本身已經藉由root方式進一步取得手機深層控制權的話，將無法正常使用Samsung Pay功能，並且將在使用過程顯示拒絕存取或因未經授權而遭封鎖等訊息。
由於目前僅三星旗下Galaxy S6、S6 Edge能先行在南韓地區測試Samsung Pay服務，因此暫時還無法確定是否與手機系統或MST技術設計有關，亦可能是針對安全機制考量進行封鎖。由於SAmsung Pay服務也能用於相容MST技術的刷卡機，因此有很大可能是希望避免經root手機可能潛藏惡意程式感染風險，因此才會做出執行封鎖動作。
就目前Google Wallet運作模式來看，已經root的Android手機並不做任何限制，但不確定接下來準備推行的Android Pay是否也會有相同限制。
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