雖然近期因為新型冠狀病毒疫情影響，使得線上會議服務Zoom在短時間增加不少使用量，但也接連衍生不少問題，例如近期因為透過Zoom進行線上會議的人數增加，進而發生不少惡作劇人士取得Zoom會議ID後，利用畫面分享功能播放不雅內容，或是刻意在會議中搗亂的情況。因此在稍早更新中，Zoom便將用戶端原本會直接顯示的會議ID名稱隱藏，避免有心人士刻意窺看，或是減少影像擷圖內容曝光會議ID的情況。
不過，即便做了這樣的調整，似乎仍無法避免Zoom會議依然會遭有心人士亂入情況。加上先前傳出部分會議內容會傳送到中國境內伺服器，以及原本標榜可採用AES-256較高加密保護，但實際上僅以AES-128形式進行加密，使得不少機構開始禁止員工使用Zoom進行線上會議。
目前包含美國政府機構、軍方單位，以及部分企業如Google都已經明文規定禁止使用Zoom，而台灣政府機構、教育部及各院校稍早時候也呼籲避免使用Zoom進行線上會議或教學使用。
而就先前Zoom創辦人暨執行長袁征 (Eric Yuan)對外解釋，強調Zoom運作方式是以用戶所在位置決定連接距離最近的伺服器，但在稍早因應使用流量增加，不慎將兩組位於中國境內伺服器加入備用白名單，使得部分非中國境內用戶連接使用服務時，可能因鄰近伺服器流量滿載而被導向備用白名單指定伺服器，導致北美地區用戶被導連至中國境內伺服器情況發生。
另外對於加密爭議，Zoom回應表示是希望同時符合更多使用需求，並且顧及加密安全的妥協作法，但在加密等級產生爭議情況下，未來會參考第三方專家等外界意見，並且構思更合適的加密方案。
但考量Zoom服務本身是由中國境內團隊研發，即便Zoom強調在全球設立73組伺服器中，多達68組位於北美境內，僅有5組位於中國境內，並且主要作為中國境內用戶連接使用，仍引起不少美國企業擔憂。
